百亩、分设六大分院、拥有数百名学士和工匠的庞大机构。
这几年里，朱由校只要得空，便会亲自去科学院，给学士们「上课」，把自己脑海里初中、高中的物理、化学、生物、数学等基础科学知识，一点点拆解开来，传授给这些大明的学士们。
科学的发展不能一蹴而就，所以他从不急于求成，只是从最基础的原理讲起，一点点引导学士们去探索、去实验、去验证。
同时，他也在不断打通科学院的上升通道，在科举之中专门增设了格物科，考试内容以算学、格物、化学等科学院的科目为主，只要考试合格，进入科学院任职，便能获得官身，和科举出身的进士一样，入朝为官，光宗耀祖。
这个举措，彻底打破了「唯有读书高」的传统桎梏，让无数对格物之学、奇技淫巧感兴趣的寒门子弟，找到了新的出路。
全国各地的能工巧匠、格物爱好者，纷纷涌向北京城，报考科学院的科举，想要进入这所由皇帝亲自创办的机构，一展所长。
源源不断的人才涌入，加上朱由校带来的超越时代的知识体系，还有朝廷源源不断的资金投入，让科学院的发展进入了快车道。
几乎每一年，甚至每一个月，都有新的发明、新的技术从科学院里诞生，一点点改变著大明的方方面面。
尤其是在农业方面，科学院的成果最为显著，也最让朱由校满意。
基于力学的简单机械原理，科学院的学士们研发出了曲辕犁的升级版，在传统曲辕犁的基础上，加装了滑轮和杠杆助力结构，让农户耕地时更加省力，一头牛就能拉动，耕地效率比传统型具提升了近一倍。
还有优化后的脚踏式龙骨水车，改良了传动齿轮结构，减少了动力损耗，灌溉效率提升了五成不止，一个农户脚踏水车，就能浇灌十亩地，大大节省了人力。
针对北方旱灾频发的问题，学士们还利用连通器的原理，发明了简易的滴灌装置，用陶管和竹管拼接而成，埋在田垄之间，水从蓄水池流出，通过陶管上的小孔，一滴滴精准地滴在作物的根部，既减少了水分的蒸发，又能保证作物的用水需求，完美适配陕西、北直隶等旱灾频发的北方地区。
今年北直隶的旱灾里，这套滴灌装置发挥了巨大的作用，保住了无数下田的收成，让百姓们赞不绝口。
作物培育方面，科学院的农学士们，基于朱由校传授的生物遗传与杂交育种知识，开展了番薯、