，却遭遇了部分日军的顽抗。
若松岛的一百五十名日军守军，其中，一百三十人，愿意投降明军，只有二十名武士，依旧坚守立场，想要顽抗到底，他们占据了若松岛的一座小型堡垒，依托堡垒的防御，抵抗明军的进攻。
邓世忠见状，下令，对这二十名顽抗的日军武士，发起强攻。
明军的快船，停靠在若松岛的港口，佛郎机炮，对准了日军占据的小型堡垒，发起猛烈轰击。
小型堡垒，是木质结构，根本经不起佛郎机炮的轰击，瞬间被炸毁，二十名顽抗的日军武士，全部被击毙，没有一人存活。
随后，若松岛的一百三十名投降的日军守军，被明军接管，若松岛，被明军顺利控制。
肃清奈留岛、若松岛的日军守军后，邓世忠下令，派遣十艘快船，搭载两百名水师兵卒，逐岛清剿五岛列岛的偏远小岛，肃清岛上的日军残部与浪人。
这些偏远小岛，面积狭小，人口稀少，日军守军与浪人，人数不多，大多是散兵游勇，根本无法抵挡明军的进攻。
明军的快船，逐岛推进，每抵达一座小岛，便先向岛上的日军残部与浪人，宣读劝降书，若是他们愿意投降，便予以安置。
若是他们顽抗到底，便发起强攻，将其彻底剿灭。
多数小岛的日军残部与浪人，得知福江城破，其余岛屿的守军，要么投降，要么被剿灭，纷纷放下武器，向明军投降。
只有少数几座小岛的浪人，想要顽抗到底，却被明军迅速剿灭，无一生还。
在清剿偏远小岛的过程中，明军始终严格执行军纪，严禁士兵骚扰百姓，善待岛上的渔民，向渔民们分发粮食，承诺给他们分土地，让他们安心耕种、捕鱼。
渔民们，深受感动，纷纷主动向明军提供淡水、粮食，协助明军搜索日军残部与浪人，不少渔民，还主动为明军充当向导，带领明军，前往浪人藏匿的地方，加快了清剿的进度。
时间飞逝。
距离明军进攻五岛列岛，不到半个月的时间，五岛列岛的三十余座岛屿，全部被明军平定，倭国军队的近千名守军，或死或降，被彻底肃清，明军，完全控制了五岛列岛。
此次战役，明军以极小的伤亡，拿下了五岛列岛。
控制五岛列岛后，邓世忠立刻下令，部署五岛列岛的防御，将五岛列岛，打造成明军进攻九州的前沿基地。
他做出了以下部署：
一是，留下战船十五艘、兵卒八百人，驻守五岛列岛