据点、抓捕俘虏的任务，作为进攻九州的先遣舟师。
陆战部队的部署，同样兼顾防御与训练。
沈有容派驻登莱标兵、水师陆战营共三千人，分为左、中、右三营，负责岛岸防御、要塞驻守、登陆作战训练。
这三千名士兵，都是身经百战的精锐，配备藤牌手、长枪手、火器手，适配渡海登陆作战的兵种需求。
此外，沈有容还选拔了五百名精锐士卒，组建了奇兵营，专门进行海岛登陆、山地作战训练，作为日后登陆九州的先锋部队。
奇兵营的士兵，个个身手矫健，擅长攀爬、潜伏与突袭，每日在岛屿的丘陵地带操练，模拟九州的山地地形，演练突袭战术，同时学习日语，熟悉日军的作战习惯与民俗，为日后深入九州、开展突袭任务做好准备。
不过。
壹岐岛资源匮乏的短板，始终是制约明军长期驻守与作战的关键。
为了破解这一难题，沈有容建立了跨海运补与岛内自给的双层后勤体系，双管齐下，保障基地的长期运转，为进攻九州储备充足的物资。
主补给通道是登莱→朝鲜釜山→壹岐岛的固定航线，这条航线全程约千里，由明军水师战船编队护航，每月定期通航两至三次，从未间断。
从山东登州、莱州调集的粮食、军械、布匹、火药等物资，先运至朝鲜釜山，进行中转、清点与补充，再由水师战船护航，运往壹岐岛。
为了保障补给航线的安全，沈有容每次都派遣十艘以上的主力战船护航，沿途进行巡逻，警惕日军水师的袭扰。
同时，由朝鲜水师在釜山至壹岐岛的航段协助护航，形成内外联动的防御体系，最大限度地保障补给物资的安全。
辅助补给通道则借助朝鲜釜山港作为中转，从朝鲜采购粮食、马匹、淡水等物资，减轻明朝本土的补给压力。
朝鲜经历战乱未久，国力衰弱，但出于共同防倭的需求，还是尽力为明军提供支援。
供应大米、小麦等粮食，调配马匹用于陆战部队的训练与运输，输送淡水补充岛上的用水缺口。
此外，沈有容还与朝鲜的商人达成合作，采购布匹、药材等物资，进一步丰富岛上的物资储备。
为了实现岛内自给，减轻补给压力，沈有容在壹岐岛推行军屯与民屯制度，开垦土地，种植作物，同时挖掘水源、发展渔业，全方位弥补资源缺口。
他下令，组织驻军轮流耕种，同时从明朝山东、浙江沿海迁来无地农民、罪囚