他们的生命，为日本海军所谓的“武士道精神”，画上了一个悲壮而又愚蠢的句号。尽管“飞龙”号的官兵在山口多闻的激励下也进行了顽强的损害管制努力，但面对多枚重磅炸弹的直接命中和引发的航空汽油大火，在缺乏有效外部支援（其他三艘航母已自身难保）的情况下，最终还是无力回天。山口和加来在确认军舰无法挽救后，平静地接受了与舰同沉的命运，拒绝离舰。该舰在持续燃烧了一夜之后，于第二天（6月5日）凌晨，由日军自己的驱逐舰发射鱼雷，将其自行击沉，以免落入美军之手。
一个时代的落幕
远在数百海里之外的主力舰队旗舰“大和”号战列舰上的山本五十六大将，通过无线电，接连接到他手下最精锐的四艘主力航空母舰在短短的一天之内，竟然全部被美军击沉或即将沉没的噩耗！其内心的震惊、痛苦、愤怒和绝望，可想而知！他那个精心策划了数月之久、投入了联合舰队几乎全部家当、旨在诱歼美国太平洋舰队主力、一举奠定胜局的“i作战”计划，就这样，在他最意想不到的地方、以他最不愿意看到的方式，彻底地、灾难性地破产了！
他虽然也曾一度考虑，是否要动用他手中那支依然拥有绝对优势兵力的战列舰编队（包括“大和”、“长门”、“陆奥”等超级巨舰），在夜间与美军的航母舰队进行一场传统的水面炮战，试图挽回一丝败局，为帝国海军保留最后一丝颜面。但最终，在认清了己方已经完全失去空中掩护、在茫茫大海上继续与拥有空中优势的美军航母周旋无异于自杀的残酷现实之后，这位曾经不可一世的“海军赌徒”，不得不痛苦地承认失败。
6月5日凌晨（一说为6月4日深夜），山本五十六正式下达了那道令整个联合舰队都感到耻辱和绝望的命令：取消进攻中途岛的作战计划，所有参战舰艇，全线向西撤退！曾经在太平洋上耀武扬威、不可一世的日本联合舰队，第一次在与美国海军的正面较量中，尝到了如此惨痛、如此彻底的溃败的苦涩滋味。一个属于日本海军航空兵的“黄金时代”，似乎也在这中途岛的炮火和浓烟之中，戛然而止，仓促地落下了它血色的帷幕。
“约克城”的悲壮结局：
美军在取得决定性的空中胜利之后，也曾试图组织兵力追击正在仓皇撤