退的日军舰队，但由于斯普鲁恩斯少将担心在夜间和未知的海域，可能会遭遇日军潜艇或水面舰艇的伏击（毕竟山本的主力战列舰编队还在附近晃悠呢），以及自身也需要休整、补充和保存实力（“企业”号和“大黄蜂”号的舰载机也损失不小，飞行员也已极度疲惫），所以追击的规模和效果都比较有限，未能取得更大的战果。
重巡洋舰的悲剧——自相残杀的“乌龙”： 在日军混乱的撤退途中，其隶属于近藤信竹中将指挥的第二舰队（原计划负责支援中途岛登陆作战）的重巡洋舰“三隈”号和“最上”号，因为在夜间规避美军潜艇“鳟鱼”号发射的鱼雷时，指挥失误，操作不当，竟然在黑暗中自己撞到了一起！两艘万吨级的重巡洋舰撞得是鼻青脸肿，双双受了重创，航速锐减。“三隈”号最终在6月6日，被从中途岛和美军航母上起飞的飞机追上并轮番轰炸，身中数枚炸弹后，燃起大火，最终沉没。“最上”号则在遭受了极其严重的创伤（舰首几乎被完全撞毁，炮塔也多处受损）之后，侥幸挣扎着逃回了日本本土，但已基本失去了战斗力，成了一个“残废”。这两艘倒霉的巡洋舰，没怎么跟美国人打，倒先自己人把自己人给“废”了，也算是中途岛海战中一个不大不小的“黑色幽默”了。
“约克城”号的最终沉没（6月7日）——功勋航母的悲壮结局： 那艘在珊瑚海和中途岛两次大战中都立下赫赫战功、并奇迹般地快速修复参战的“约克城”号航空母舰，虽然在6月4日被日军飞机重创并被迫弃船，但由于其出色的损害管制和坚固的舰体结构，并没有立刻沉没，而是在海面上顽强地漂浮着。美军一度组织了专门的救援队伍，重新登上了“约克城”号，试图将其拖回珍珠港进行彻底的抢修，希望能让这位“功勋老兵”再次重返战场。然而，命运似乎并不打算放过它。在6月6日，日本海军潜艇伊-168号（艇长是经验丰富的田边弥八海军少佐），大胆地突破了美军的警戒驱逐舰组成的护航编队，悄悄地潜近了正在被拖曳的“约克城”号。田边弥八瞄准目标，冷静地发射了数枚鱼雷。其中，两枚鱼雷准确地命中了“约克城”号的舰体，另一枚鱼雷则击中了正在旁边进行护航和协助拖曳作业的驱逐舰“哈曼”号。“哈曼”号这艘小小的驱逐舰，当场就被炸成了两截，迅速