续返航。此时，珍珠港上空虽然仍有零星的战斗，但大规模的空袭已经基本结束。
渊田美津雄等空中指挥官在返回航母后，力主发动第三波攻击，认为应该乘胜追击，彻底摧毁珍珠港的油库、修船厂等岸上设施，以及搜寻并攻击可能在附近海域的美军航空母舰。
但舰队司令南云忠一中将，在听取了各方报告（包括机群在第二波攻击中损失有所增加、美军防空炮火的增强、以及对美军航空母舰行踪不明的担忧，最重要的是，他认为已经基本达成了摧毁美军战列舰主力的主要作战目标）之后，最终还是做出了一个后来备受争议的决定——取消第三波攻击，舰队全速撤离，返回日本！他担心如果恋战不退，一旦舰队位置暴露，遭到美军（特别是其航母舰载机）的反击，那他这支宝贵的航母特混舰队（日本海军的全部家当啊！）可就危险了！保存自己的航母实力，在他看来，是压倒一切的任务。
于是，这支取得了惊人战术胜利的日本舰队，在完成了两波毁灭性的空袭之后，便悄然转向，消失在了茫茫的太平洋之中。
珍珠港遭袭的两个小时，对美国来说，是灾难性的两个小时！
人员伤亡：超过2403名美国军事人员（包括海军、陆军、海军陆战队）和68名平民在袭击中丧生，另有1178人受伤。其中，仅仅“亚利桑那”号战列舰的沉没，就造成了1177人遇难，占总死亡人数的近一半！
舰艇损失：太平洋舰队的8艘战列舰中，“亚利桑那”号发生灾难性爆炸并彻底报废；“俄克拉荷马”号倾覆沉没，后被打捞但已无修复价值；“西弗吉尼亚”号和“加利福尼亚”号均坐沉港底（后均被打捞修复）；“内华达”号在试图冲出港口时重伤抢滩；“田纳西”号和“马里兰”号虽然受损相对较轻（因为内侧有其他战列舰作为“挡箭牌”），但也需要进坞修理；只有“宾夕法尼亚”号（当时在船坞内）损伤最轻。此外，还有3艘轻巡洋舰、3艘驱逐舰和多艘辅助舰船被击沉或重创。
飞机损失：约188架海军和陆军飞机被彻底摧毁在地面或在短暂的空战中被击落，另有159架飞机受损严重。瓦胡岛上的美军航空力量，几乎在一天之内就损失过半。
重要设施：机场的机库、跑道