依托着半岛上预设的（虽然并不完善）防御工事和科雷希多岛上坚固的海岸炮台，准备与数倍于己的日军，进行一场实力悬殊、也注定没有希望的困兽之斗。
战斗从1942年1月开始，一直持续到4月初，打得异常艰苦和惨烈。
粮弹不足，补给断绝：由于撤退仓促，美菲联军携带的粮食、弹药和药品都非常有限。在日军的严密封锁下，外部的补给也根本无法运进来（美国海军在珍珠港事件后，早已自顾不暇，根本无力组织大规模的救援和补给行动）。士兵们每天只能领到极少量的口粮（主要是大米和罐头鱼），很多人都饿得面黄肌瘦，骨瘦如柴。弹药也越打越少，很多炮兵阵地最后甚至连炮弹都打光了。
疾病肆虐，非战斗减员严重：巴丹半岛地处热带，气候湿热，蚊虫滋生。在缺乏药品和卫生条件极差的情况下，疟疾、痢疾、脚气病、坏血病等各种热带疾病，像瘟疫一样在守军中迅速蔓延开来。营养不良和疾病的折磨，使得大量的士兵失去了战斗力，非战斗减员的人数，甚至超过了战斗伤亡的人数。
菲军与美军士气崩溃，内部分裂：在饥饿、疾病、绝望和日军持续不断的炮击轰炸的多重压力下，美菲联军的士气，不可避免地开始崩溃。很多菲律宾士兵，因为思念家乡，或者对抵抗前途彻底失去信心，开始出现逃亡、哗变甚至向日军投降的情况。美军士兵虽然纪律相对较好，但在这种看不到任何希望的绝境中，也普遍弥漫着悲观和绝望的情绪。
就在巴丹半岛的抵抗已经濒临极限、全军覆没似乎只是时间问题的时候，1942年3月，麦克阿瑟接到了来自华盛顿的、罗斯福总统亲自下达的死命令——要求他立刻离开菲律宾，前往澳大利亚，组织和指挥西南太平洋战区的盟军作战！
罗斯福总统做出这个决定，主要是出于两方面的考虑：一是麦克阿瑟作为当时美国军界声望最高的将领之一，不能让他跟巴丹守军一起玉石俱焚，他的军事才能和指挥经验，对未来的反攻至关重要；二是从政治宣传的角度看，让这位“远东英雄”成功突围，也能在一定程度上鼓舞盟国的士气，抵消菲律宾失陷带来的负面影响。而一旦这位四星将军被日本俘虏，那政治影响可就太大了，这是美国无论如何都不能承受的。