浑浊的海水裹挟着金属碎片掠过林小羽的脸颊，她死死抱住装有特殊物质的容器，耳膜在水压下几乎要爆裂。零号项链的光芒在废墟中忽明忽暗，像极了少年消散前闪烁的最后意识。身旁的张晨用身体为她挡住坍塌的梁柱，绷带下新添的伤口不断渗血，在海水中拉出细长的红线。
“往通风管道方向！” 张晨的嘶吼混着建筑崩塌的轰鸣，拍立得残骸在剧烈震动中弹出最后一张照片 —— 画面里银色面具人抱着匣子的背影，婴儿脖颈处的银色项链折射出诡异的六边形光斑。少年的瞳孔骤缩，突然想起在海底建筑深处，陈玉华全息影像中闪过的六芒星图腾。
当两人终于浮出水面时，“信天翁号” 的残骸正冒着黑烟缓缓下沉。大副汤姆的遗体卡在扭曲的栏杆间，白发随波漂浮，手中还攥着半张烧焦的照片。林小羽的机械表碎片传来陈默微弱的意识波动，带着难以掩饰的悲痛：“汤姆船长 他本该有机会安享晚年” 她的钢笔在湿透的笔记本上划出凌乱的痕迹，咸涩的泪水混着海水滑进嘴角。
老水手杰克遗留的匕首躺在礁石上，刀柄缠着的红绳早已褪色。张晨弯腰拾起时，发现刀鞘内侧刻着细小的俄文 —— 正是 “深海号” 反应堆的启动密码。“原来他早就准备好了” 少年的声音沙哑，绷带下的伤口因海风刺痛，却不及心中的钝痛。他望向漆黑的海面，那里隐约传来齿轮转动的嗡鸣，与记忆中零号消散时的数据波动频率惊人相似。
三天后的东京湾实验室，林小羽将特殊物质放在显微镜下观察。淡蓝色的流体在载玻片上蠕动，每个分子都呈现出齿轮状结构。“这根本不是普通的中和剂。” 她的声音带着震惊，钢笔在实验报告上停顿许久，“它的分子排列方式，和三叶草组织的时间装置核心如出一辙。”
张晨靠在实验室门口，拍立得正在自动分析从巨像残骸中提取的记忆晶体。屏幕上不断跳出破碎的画面：陈默被绑在实验台上的挣扎，零号在培养舱中的哭喊，还有银色面具人年轻时与陈玉华的合影。“这些记忆被篡改过。” 少年的手指划过屏幕上的时间戳，“1998 年 12 月 24 日，正是‘深海号’失踪的前一天。”
就在这时，机械表碎片突然发出刺耳的警报。十二个城市