寺后殿，名普明妙觉殿。1925 年 3 月 12 日，孙中山先生逝世后在此殿停灵四年；1954 年，将此殿辟为中山纪念堂。室内陈列孙中山先生的一些革命活动的照片，山墙后镶嵌汉白玉石碑刻，还有 1925 年苏联赠送给孙中山先生的玻璃盖钢棺一口。此情此景，不禁想起中山先生提出的三民主义，是引领着当时的中国人民开拓进取，建立新时代的精神支柱。
出纪念堂就可见塔院，位于寺院最后，院内有北京市最高的金刚宝座塔。塔建于乾隆十三年（1748 年），高 347 米，分塔基、宝座、塔身三层。塔基呈方形，砖石结构，外以虎皮石包砌，台基两侧有石雕护栏。塔身全部为琢磨过的汉白三石砌成，四边雕刻有藏传喇嘛教的传统佛像。塔基正中开券洞，券墙上有金字“孙中山先生衣冠冢”。
随后来到中山纪念堂的右侧的罗汉堂，系仿杭州净慈寺罗汉堂而建，平面呈“田”字形，每面九间，中间有四个小天井用以采光。堂的外貌似盝顶，堂中心建有重檐歇山十字脊的多角亭阁，中央矗立有小型喇嘛塔，堂正面出轩，其余三面各出抱厦一间。殿内有木雕贴金罗汉像 500 尊，加上佛、菩萨以及蹲于梁上的济公和尚等共计 508 尊雕像，形态各异，栩栩如生。
最后进入水泉院，位于寺北侧，原为乾隆皇帝行宫的一部分，院内有山石泉水，亭台小桥点缀其间，颇具江南风光。最有名的是三代树，这是一株较奇特的古树，柏树中套长柏树，最里层长着一株楝树。院中还有一天然流泉，名“水泉”，又称“卓锡泉”，泉水自石缝中流出，汇而为池，泉水甘甜爽口。
一路走来，一路感悟。刚踏入碧云寺时，仿佛瞬间远离了城市的喧嚣与繁华，进入了一个宁静祥和的世界。寺庙内古木参天，松柏森森，营造出一种庄严肃穆的氛围。阳光透过树叶的缝隙洒下，光影斑驳，让人感受到岁月的静好。漫步在寺内的石板路上，听着悠扬的钟声和诵经声，心灵也得到了片刻的宁静与放松。
寺内的建筑风格独特，依山势而建，层层殿堂依山叠起，三百多级阶梯式地势形成了特殊的布局。建筑的工艺精湛，无论是殿宇的飞檐斗拱，还是佛像的雕塑，都展现出古代工匠的高超技艺。尤其是金刚宝座塔，高大雄