少足够的建筑材料，地面面积和原有的地下室足够方大宝和基地人员使用，所以除了将基地的指挥中心放在了22栋的最深处和在地下布置了大量的地下通道以外，方大宝并没有对地下空间进行大的改造。
但是现在考虑到将来的陨石袭击以及由此带来的大量次生灾害，基地的主要功能部分要正式的开始往地下迁移，方大宝对基地的地下空间开始大刀阔斧的进行规划设计。
按照和小美讨论的结果，基地地下部分主要采用蜂巢式的结构和去中心化的布局。
即将整个地下分为9个标准分区，每一个分区由多个标准舱室组成，其内设置独立的能源、生存、生产、通讯等系统，原则上需要保证每个分区都具备独立生存、重新发展的的条件。
由于生存点和材料的限制，部分高技术装备无法进行批量复制的，也尽量分散放进了各个分区，避免运气不好被某块陨石碎片一锅端了。
在地下基地半球体的空间内，将9个分区尽量分散布置，有的分区在外围，距离地面仅10几米，而位于基地中心的分区，距离地面达到了200米左右，位于整个基地的最底层。
各个分区之间用通道环通，通道宽度达到了7米，分为上下两层，在安装了钢轨之后，可以用自制简易小火车通行，也可以满足汽车的双向通行。
通道口部设置有防爆、防辐射、防水、抗冲击的复合装甲门，通过设置扩散室和“之”字形走道削弱冲击波。设置三道以上的气闸室，通过传感器网络，实时检测内部的气压、温度、辐射变化，安装了环境净化系统和洗消设施。
各分区通向地面的机动车通道口部设置在地面建筑的内部，或者伪装成岗亭、岩石或者山坡。采用低反射涂料和隔热材料，避免被红外侦测到。
各分区之间的空间也并没有被浪费，而是被划分成一个个蜂巢形状的独立舱室，用来储存淡水和各种材料，由于缺少足够的材料，舱室的分隔用地下的岩石、泥土建造，并消耗少量生存点强化，轻度并不低于普通的钢筋混凝土。
基地的外围一圈，用升级强化后的钢材、混凝土和符合填充材料做成厚度达到3米的的地下室外壁防护层，而内部蜂巢结构的一个个舱室，也能够给外壁提供缓冲和抗冲