她在星盟学到的格斗技巧此时发挥了作用，她巧妙地避开神秘人的攻击，同时给予反击。
小海也不甘示弱，他利用机械脊椎的各种功能，如发射激光、制造护盾等，与沈南星相互配合。在激烈的战斗中，沈南星发现神秘人的行动似乎受到某种指令的控制，他们的动作整齐划一，没有丝毫的个人意识。
“他们可能被植入了某种控制装置。”沈南星对小海喊道。小海点点头，他集中精神，试图找到控制装置的信号源。经过一番努力，小海成功地找到了信号源，并发射出一道干扰波，暂时切断了神秘人与控制中心的联系。
失去控制的神秘人开始变得混乱，沈南星和小海趁机突围，继续深入据点内部寻找关键信息。
【真相渐明】
在据点的核心区域，他们发现了一个巨大的培养舱，里面浸泡着一个正在发育的基因武器胚胎。这个胚胎散发着强大的能量波动，让人不寒而栗。
在旁边的电脑上，他们找到了关于这个基因武器的详细资料。原来，这个基因武器是由之前卡尔研究的暗物质基因与地球上一些危险生物的基因融合而成，具有极强的攻击性和传染性。
“这个基因武器一旦被释放，整个地球都将陷入灾难。”沈南星说道。他们决定摧毁这个基因武器胚胎和相关的研究资料。
就在他们准备动手时，神秘组织的首领出现了。他竟然是星盟内部的一名高级官员——罗尔。罗尔一直对星盟的和平理念不满，他认为只有通过强大的武器才能在宇宙中立足。
“你们太天真了。”罗尔冷笑道，“只有我的计划才能让地球和星盟变得更强大。”
【最终的决战】
沈南星愤怒地说道：“你的计划只会带来毁灭，你根本不知道自己在做什么。”
罗尔不再理会他们，他启动了基因武器胚胎的激活程序。培养舱开始剧烈震动，胚胎的发育速度加快。沈南星和小海知道，他们必须在基因武器成型之前阻止它。
小海冲向培养舱，试图用机械脊椎破坏它。沈南星则与罗尔展开了最后的对决。罗尔拥有强大的科技装备，沈南星在战斗中渐渐处于下风。
但沈南星没有放弃，她想起了在水晶洞穴中获得的启示，