城皆应，唯有鄄城、范、东阿三城尚在。吕布使者刘翊至城下，诈称 \"吕将军助曹使君攻陶谦，速供军粮\"，城中人心惶惶。荀彧识破阴谋，急召夏侯惇引东郡兵来援，又亲登城楼，晓谕百姓：\"曹使君待兖州如父母，吕布乃豺狼，若开门迎之，汝等妻孥必遭屠戮！\"
豫州刺史郭贡率五万大军突至，传言与吕布合谋。夏侯惇力劝荀彧勿往，荀彧却命备马：\"郭贡与张邈非素交，今骤至而不攻，必是观望。若示以无惧，或可令其中立。\" 单骑出城，至郭贡军前，从容而言：\"公若助吕布，此刻当趁我城虚急攻；今顿兵十日，必无战意。我若死，公与吕布嫌隙更深，何不相持观望？\" 郭贡见其面色如常，知城防严密，遂引兵退去。是役，荀彧与程昱定三城，为曹操保留反攻基地，事后曹操执其手曰：\"非文若，吾无兖州矣。\"
建安元年（196 年），汉献帝在杨奉、韩暹裹挟下还洛阳，宫室残破，百官饥困。曹操帐下，多数谋士以 \"山东未平，韩暹、杨奉难制\" 为由，反对迎天子。荀彧独排众议，援古证今：\"昔晋文公纳襄王而诸侯景从，高祖为义帝缟素而天下归心。今天子蒙尘，将军首倡义兵，虽未能西迎，然分遣使者通问，已见忠义。若趁此奉迎，上合天意，下顺民心，此乃大顺、大略、大德之举。袁绍虽强，安敢抗此大义？\"
八月，曹操至洛阳，见献帝衣不蔽体，百官以野菜充饥，遂奉天子迁都许县。献帝拜曹操为大将军，荀彧为侍中、守尚书令。自此，荀彧居中持重，总揽政务，每当曹操出征，许都大小事务皆经其手。他创立 \"屯田制\"，募流民垦荒，数年之间，许都仓廪充实；又制 \"考课法\"，整顿吏治，一时朝中清明。袁绍谋士沮授闻之，对袁绍叹曰：\"曹操挟天子以令诸侯，荀彧为其谋主，此诚不可与争也。\"
建安五年（200 年），官渡前线，曹操手捧荀彧书信，烛影摇红中，字迹力透纸背：\"今军食虽少，未若楚汉在荥阳、成皋间也。是时刘、项莫肯先退，先退者势屈也。公以十分居一之众，扼其喉而不得进，已半年矣。情见势竭，必将有变，此用奇之时，不可失也。\" 曹操掷笔而起，望向窗外夜色，仿佛看见荀彧在许都深夜办公的身影 —— 军