尽管外星生物的主力部队已经撤离地球，但仍有少量残余势力隐藏在地球的各个角落。
这些残余势力主要由一些失去指挥系统、缺乏补给的外星生物组成，但它们依然具有相当的威胁性。他们渗透到人类社会内部，窃取情报、进行间谍活动，甚至试图煽动叛乱。 一些残余外星生物开始适应地球环境，并尝试与地球上的生物进行基因融合。这导致出现了一些新的变异生物，它们兼具外星生物和地球生物的特征，变得更加难以对付。此外，一些外星生物开始利用地球上的资源，制造出新的武器装备，例如简易的能量武器、生物武器等。
天神部队针对残余外星生物的特点，制定了新的清剿策略:加强情报收集工作，利用卫星、无人机、特工等多种手段，追踪残余外星生物的动向。 运用先进的侦察和定位技术，对残余外星生物进行精确打击，避免造成不必要的平民伤亡。 与当地政府和军队密切合作，共同开展清剿行动。 对残余外星生物进行心理战，例如散发传单、播放广播等，瓦解其士气。
天神部队在全球范围内开展了多次大规模的清剿行动，针对非洲大陆的残余外星生物，派遣精锐部队进行地毯式搜索和清剿。 针对东南亚地区的变异生物，部署特种部队进行特种作战。 针对欧洲的地下外星生物基地，进行突袭和摧毁。
经过数年的努力，天神部队成功清剿了大部分残余外星生物。但一些零星的残余势力仍然存在，继续对人类构成威胁。
天神科学家们针对变异生物的特点，研发出新型武器，利用基因编辑技术，制造出能够特异性攻击变异生物的病毒或毒素。 开发出纳米机器人，可以进入变异生物体内，破坏其生理机能。 改进能量武器，使其能够更有效地穿透变异生物的防御。
为了应对外星生物制造的新型武器，天神科学家们加强了防御技术的研究，开发出更强大的能量护盾，可以抵御新型能量武器的攻击。 改进电磁脉冲防御系统，使其能够有效对抗外星生物的电磁脉冲武器。 研发出针对外星生物生物武器的防护技术，疫苗、抗体等。 这些新型武器被广泛应用于清剿残余外星生物的行动中，大大提高了清剿效率。同时，它们也成为了人类未来防御外星威胁的重要力量。