相博。
在此期间，大蛇丸也曾数次企图发起反击，试图扭转局面。然而，面对宇智波炽那压倒性的强大实力，他的这些努力都显得苍白无力，收效甚微。
终于，意识到继续缠斗下去对自己毫无益处的大蛇丸，果断地选择了主动认输，并向宇智波炽提议结束这场激烈的战斗。见此情景，宇智波炽也顺水推舟，同意了大蛇丸的请求。于是，两人迅速收起了各自的敌意，转而开始心平气和地商讨起合作的具体事宜来。
值得一提的是，这两位可都并非那种心胸狭隘、锱铢必较之人。因此，整个合作商讨的过程异常顺利，几乎没有遇到什么太大的阻碍。经过一番深入细致的协商之后，他们很快便达成了一致意见：
大蛇丸如愿以偿地获取到了根部所有珍贵无比的实验资料以及绝大部分的实验室，还有那白绝的部分残躯拥有权和资金援助；而作为交换条件，大蛇丸将亲自出马，倾尽全力帮助宇智波炽稳固其刚刚获得的火影地位，同时大蛇丸承诺宇智波炽共享实验成果的丰厚回报。就这样，一场原本充满火药味的激战，最终演变成了一次互惠互利的合作。
因为宇智波炽和大蛇丸的交易，所以在关键时刻，宇智波炽挺身而出，为大蛇丸发声开脱，并巧妙地将所有的主要过错一股脑儿地全都推到了志村团藏的头上。
最终的结果是，大蛇丸完完全全只是因为自身的能力，参与了那些早已被禁止的研究试验而已。大蛇丸摇身一变，从禁忌实验的罪魁祸首之一变成了一名看似无辜的研究员，这样的结局与原着中的设定恰好相反！
这场风波整整持续了数日之久，期间各方势力纷纷发力。经过众人不懈的努力，最终成功地将神秘且强大的“根部”组织一举铲除，不仅如此，连猿飞一族的大部分成员也受到了牵连。
面对如此严峻的形势，猿飞日斩为了保住家族的根基命脉，不得不放下身段，私底下悄悄约见了宇智波炽一面，而宇智波炽也不想自己在刚刚掌权后，就发生昔日的火影家族反叛事件，那对他的名誉影响实在是太大了，所以同意了他的会见请求。
两人见面之后，便开始了一场漫长而又紧张的谈判。他们你来我往、各抒己见，足足交谈了大半天才总算达成了一致意见。