后土豆会变得粉烂，像泡了水的馒头，完全失去绵密的口感，番茄的酸甜味也会流失大半。要是想放得久一点，可以放在冰箱冷藏室的中层，温度保持在3到5度之间就行，现烤的鲜制款最多放三天，预包装的冷藏款最多放五天，因为没有添加防腐剂，放久了番茄层容易发酵，会出现明显的酒味，芝士也会发霉。
还有不少人容易在加热和复食上踩坑，别为了让它变热就直接放微波炉高火打，也别反复加热。要是放凉了想恢复松软的口感，别直接丢微波炉里转，高火打一分钟，芝士就会全部融化，番茄里的水也会全部渗出来，整个软成一滩，凉了之后会硬得像饼。最好是放在平底锅上，开最小火，盖盖子焖两分钟，底部会变得有点脆，芝士也刚好融化，分层的地方还能保持干爽，跟刚烤出来的味道差不多。要是家里有烤箱，也可以用150度烤三分钟，烤完芝士表面会带一点点焦香，里面的土豆还是软的，吃起来别有一番风味。要是千层表面出现了白色的霉点，或者闻起来有发酸的酒味，别舍不得扔，哪怕只有一点点霉，整个千层都已经被霉菌污染了，尤其是番茄变质之后会产生有害的物质，吃了很容易食物中毒，别把霉点抠掉继续吃，风险太大。
食用的时候还有几个冷门的注意点，别一次吃超过两块，也别给太小的孩子整块吃。番茄土豆千层的淀粉和芝士含量都很高，两块的热量差不多等于一碗米饭，吃多了容易胀气反酸，尤其是肠胃消化不好的人，吃多了会觉得胃里堵得慌。也别跟冰可乐、冰奶茶这类冰饮一起吃，凉饮加上芝士的油腻感，很容易导致肠胃不适，最好配着温的柠檬水或者淡乌龙茶吃，既能解腻，也能中和番茄的酸味。给三岁以下的小孩吃的时候，最好把外面烤硬的边去掉，掰成小块喂，别让他直接拿着整块啃，芝士遇热会发黏，很容易粘在喉咙里造成卡噎，这点一定要留心。要是家里有乳糖不耐受的人，最好选无乳糖芝士做的款式，不然吃了容易拉肚子。
最后给大家提两个实用的小技巧：要是储存的时候在保鲜盒里放一片干净的厨房用纸，能吸收番茄层渗出来的水汽，放个两三天都不会变湿发软，厨房用纸每天换一次就行；要是千层不小心被压碎了，不用扔，打两个鸡蛋拌一拌，放在平底锅里煎成小饼，味道跟蔬菜饼差不多，比直接丢了要划算。不用买太贵的保鲜盒，只要密