将永远延续下去。
宇宙的暗处，熵寂之主并未真正消亡。在某个平行宇宙的角落，它的意识残片正在悄然聚集，暗紫色的能量如菌丝般在虚空中蔓延。这些残片吸收着该宇宙的负面情绪，逐渐凝聚成新的形态。它发誓要让苏璃、陆野以及所有文明知道，熵增的法则不可违抗，任何试图阻挡命运的行为，都将在绝对的熵寂面前化为尘埃。
苏璃和陆野开始着手训练新一代守护者。万维平衡中枢的训练场上，年轻的战士们操控着由混沌平衡能量驱动的战甲，在模拟的熵寂战场中磨练技艺。苏璃将自己的战斗经验转化为数据模型，输入万象织灵的教学系统；陆野则亲自指导星舰驾驶与战术配合，用永恒堡垒的实战案例为学员们讲解对抗熵寂生物的技巧。
但新的危机比想象中来得更快。在仙女座星系，一种新型的「熵影病毒」开始蔓延。这种病毒通过量子通讯网络传播，感染文明的科技系统后，会将所有设备改造成熵寂之主的傀儡。被感染的星球上，城市建筑扭曲成诡异的形态，居民的意识逐渐被熵影侵蚀，变成没有感情的杀戮机器。
苏璃带领科研团队紧急研发解药，他们发现病毒的核心是熵寂之主意识残片的变异体。为了对抗病毒，必须找到一种能与之共振的特殊频率。陆野则带领舰队封锁感染区域，防止病毒扩散。在与被感染星舰的战斗中，他们发现这些傀儡的攻击模式具有极高的智能，能根据舰队的战术实时调整策略。
随着研究的深入，苏璃在病毒代码中发现了一个惊人的秘密：熵寂之主正在利用平行宇宙的能量漏洞，将自己的意识投影到各个宇宙。他的目标是建立一个横跨多元宇宙的「熵寂网络」，一旦完成，所有宇宙都将被纳入他的掌控。为了阻止这一计划，苏璃和陆野决定再次穿越平行宇宙，寻找关闭能量漏洞的方法。
在穿越过程中，他们来到了一个科技高度发达但充满绝望的宇宙。这里的文明早已被熵寂网络控制，仅存的反抗者在地下城中苟延残喘。反抗者领袖向他们透露，在宇宙的核心，有一座由熵能构成的「绝望灯塔」，灯塔的光芒会不断强化熵寂网络的力量。只有摧毁灯塔，才能打破这个宇宙的困境，也可能找到关闭能量漏洞的关键。
苏璃和陆野带领反抗者组成联合舰队