新始元年五月，蜀帝刘曌于宗庙议事，兵部尚书姜旭被群臣打死，宗庙大火，刘曌失踪，铁山军与勇冠军兵和一路，蜀国灭亡。
贾凌云随即颁布圣旨，保留刘氏宗庙，善待蜀国皇室宗亲，不得扰民，减免蜀地三年赋税。
百姓欢呼跃雀，箪食壶浆迎接汉军，多年来三分天下、羌胡作乱的局面总算在贾凌云手上得以平息。
当时的赵飞和黄奢分别率领大军在北面的阴平和南边的兴古抵御汉军，没想到完美的避开了铁山军和勇冠军的主力，当赵飞和黄奢两人听说蜀国被灭，皇帝失踪时，不由得痛哭流涕，随即集结大军驻扎重镇城池中宁死不降。
据说贾凌云带了一位身穿斗篷的神秘人来见两人，两人第二天便开城投降，从此成为汉军将领，贾凌云对两人也是非常器重，两人最后官至兵部侍郎，一等子爵。
天下初定，贾凌云开始重新调整各部之臣。
首先丞相权力太大，为了避免后世之君再遇见像自己一样的权臣作乱。
贾凌云将丞相之位削弱，不得管理军事，而是管理文事，并且为了稳妥起见，将原来的丞相职务一分为三，分别是上丞相法允、中丞相鸿源、下丞相石俊。
丞相之下为朝廷六部，六部之中刑部和兵部调整最大。
刑部执掌全国刑狱，自古以来，冤假错案最让人难以接受，贾凌云特意将刑部尚书一分为二，左尚书为慕容重、右尚书为赖运文，全国叛斩死刑犯皆得由刑部审批过问后才能问斩。
其次便是兵部，原来的兵部归丞相与中书省节制，贾凌云拔高了兵部地位，直接归皇帝统御，调出六部之外，贾凌云特意下明诏规定，汉国将军除非有朝廷军机处兵符手谕，否则私自调动一兵一卒者为谋逆罪。
由此分拨如下。
上丞相法允管理户部、刑部。
户部尚书为李申、刑部左尚书为慕容重、刑部右尚书是赖运文。
中丞相鸿源管理礼部和吏部。
礼部尚书张赟、吏部尚书封可言。
下丞相石俊管理工部。
工部尚书是伊曲。
兵部尚书阿朵哆归皇帝调派，兵部侍郎分别是墨卫统领田穆、勇冠军统领程汉、羌