月黑风高，凌采臣背着行囊，脚步匆匆地行走在荒郊野岭间。赶考的他错过了宿头，正焦急之时，一座阴森的兰若寺出现在眼前。寺门斑驳，蛛网遍布，唯有一盏昏黄的灯笼在风中摇晃，似在引诱他踏入这片未知之地。
踏入寺内，寒意扑面而来。凌采臣寻得一间破旧禅房稍作歇息。夜半时分，一阵悠扬的琴声幽幽传来，如泣如诉，似有万千愁绪。他循着琴声走去，在月光下，见到一位身着素白罗裙的女子，正坐在廊下抚琴。女子容貌绝美，肤若凝脂，眉似远山，眼含秋水，却透着一丝说不出的凄婉。
“公子为何深夜至此？”女子抬眸，声音轻柔婉转，仿佛带着勾人心魄的魔力。凌采臣说明缘由，女子微微一笑，自报名为余小倩，举止间尽显温婉柔美，两人相谈甚欢。然而，凌采臣没有注意到，余小倩眼中偶尔闪过的一抹阴鸷，以及她身后若隐若现的诡异黑影。
此后几日，余小倩夜夜前来与凌采臣相会。凌采臣渐渐被她的才情与美貌所吸引，却不知危险正步步逼近。原来，余小倩是受树妖姥姥控制的孤魂野鬼，专门用色相迷惑过往行人，摄取他们的魂魄，以供姥姥修炼。
一晚，余小倩欲对凌采臣下手，却在关键时刻，被他的正直与善良所触动。凌采臣面对美貌的余小倩，始终保持着君子风度，这让余小倩内心挣扎不已。她向凌采臣道出了自己的悲惨身世和无奈处境，恳请他带自己脱离苦海。
凌采臣心生怜悯，决定帮助余小倩。但树妖姥姥岂会轻易放过到嘴的“猎物”和背叛自己的余小倩。姥姥派出无数妖魔鬼怪阻拦，一时间，兰若寺内妖风大作，鬼影重重。千钧一发之际，云游至此的道士燕赤霞赶到。燕赤霞身怀绝技，手持诛邪宝剑，降妖除魔。
燕赤霞与树妖姥姥展开了一场惊心动魄的大战。剑光闪烁，法术相撞，整个兰若寺都在剧烈震动。凌采臣和余小倩在一旁提心吊胆，余小倩也不顾自身安危，设法帮助燕赤霞。姥姥的藤蔓如活物般疯狂舞动，缠住燕赤霞的宝剑，腥臭的汁液不断滴落，腐蚀着地面。燕赤霞大喝一声，周身泛起金光，试图挣脱束缚，而余小倩在旁心急如焚，她深知若不能战胜姥姥，自己与凌采臣都将万劫不复 。
兰若寺后那株千年槐树枝桠虬结，盘根错节